本所設立之發展方向與重點：
(一)培養食品安全及危害物質健康風險評估研究人才。
(二)培養食品安全及健康風險跨領域之管理及溝通人才。
(三)培養食品安全及管理之法規科學及政策人才。
(四)培養食品安全及食品營養流行病學之研究人才。
(五)培養食品與中西藥交互作用研究之人才。
台灣過去優良的食品加工製造技術及品質，不僅得到國內消費者的信任，也創造了台灣食品外銷的佳績，惟過去在人才的培訓，大多著重於食品材料及加工技術，對於食材本身或加工、製造、運送、製備過程中所產生危害物質的毒性以及健康風險的評估與管控，不僅在人才培育或研究資源上皆不足，因為無法預知食品的風險，缺乏有效的管控，以至於在近年來陸續引發了許多食品相關的安全事件，更因為缺乏相關物質的健康風險資料，以及食品中危害因子的背景和流病資訊，政府無法有效管控，造成了消費者的恐慌以及對政府和業者的不信任感，導致社會的不安和媒體報導的失真，不僅影響到社會秩序更讓台灣的食品產業蒙上陰影，甚至國際市場的衰退。
本所將以本校特有強而有力的科學醫學量能為基礎，支持食品及健康安全風險評估機能，規劃完整的食品及健康安全風險分析教育課程，涵蓋食品分析和食品法規法律等方面的知識，使學生能依其興趣及所需，研習食品安全及健康風險評估、風險管理、風險溝通和食品安全衛生法規等專業。此外，還將配合專業進行多方交流與產官學合作，期以達到學用無落差，培育產、官、學研界急需之一流人才，並培養學生自我終身學習的能力，加強其競爭的優勢，成為與國際接軌的食品安全專業人才。